Questo anticorpo riconosce una proteina di 38kDa, identificata come sinaptofisina. Etichetta le normali cellule neuroendocrine della midollare surrenale, del corpo carotideo, della pelle, dell'ipofisi, della tiroide, del polmone, del pancreas, della mucosa gastrointestinale, delle cellule di Paneth nel tratto gastrointestinale e delle cellule parietali gastriche. Vengono marcati anche i neuroni del cervello, del midollo spinale e della retina. In combinazione con l'anticromogranina A e l'anti-NSE, l'Ab alla sinaptofisina è molto utile per identificare le cellule neuroendocrine normali e le neoplasie neuroendocrine.